Lembaran sejarah SMK Batu Unjur , Klang bermula pada tahun 1999.Kerja-kerja pembersihan dan pembangunan sekolah di tapak seluas lebih kurang 6.4 hektar telah digunakan.
Tapak sekolah ini dahulunya merupakan kawasan ladang kelapa sawit.Pembinaan sekolah ini dihentikan selama 2 tahun kerana menghadapi masalah.
Pada tahun 2004,kerja-kerja pembinaan,penyenggaran dan pembaikan semula diteruskan semula sehingga selesai pembinaan,secara rasmi SMK Batu Unjur telah dibuka pada 26 Disember 2004.SMK Batu Unjur telah dirasmikan oleh Allahyarham Dato'Razali bin Ismail,mantan Timbalan Menteri Pelajaran Malaysia pada 12 Julai 2008.Majlis penyerahan bangunan telah diadakan pada 01 Disember 2004 oleh Jabatan Pelajaran Negeri Selangor (JPNS) kepada Pn.Siti Zaiton bt.Selamat,pengetua pertama SMK Batu Unjur.
Bermula dari sini,proses penubuhan organisasi sekolah telah berjalan.Sekolah ini mampu menempatkan 5 buah bangunan utama iaitu blok A,B,C,D dan E dengan keluasan tanah kira-kira 15.9 ekar.Di samping itu,36 buah kelas disediakan untuk kemudahan pengajaran dan pembelajaran.
Seawal operasinya dahulu , sekolah ini mempunyai tenaga pendidik sebanyak 20 orang.Kini,dengan pertambahan bilangan kelas sebanyak 59 buah dan murid sebanyak 2078 orang,bilangan tenaga pendidik juga bertambah sebanyak 121 orang.Sekolah ini juga turut menawarkan program khas iaitu Pendidikan Khas Bermasalah Pembelajaran.
Dalam meniti usia yang semakin matang,persekitaran sekolah berubah wajah menjadi lebih ceria,cantik dan bersih melalui aktiviti - aktiviti keceriaan yang dijalankan.Gandingan mantap,rasa sepunya dan semangat kerja berpasukan yang dijadikan sebagai pegangan dan teras utama warga pendidik SMK Batu Unjur yang diterajui oleh Pengetua Cemerlang Pn Hajah Zainon Bt Kasim AMN telah membuktikan pencapaian akademik dan kokurikulum yang membanggakan.Kini,warga sekolah terus melangkah waja ke arah merealisasikan visi sekolah dan sentiasa berpegang teguh dengan slogan "Kualiti Teras Keunggulan".